然而正赛开始之后米兰开始显露了他们的欧冠DNA，在第一轮小组赛中四连胜强势领跑，主客场双杀拜仁更是证明了自己“吃饭睡觉打拜仁”的传统从来都没有丢。因扎吉更是成为了南天王永远的噩梦，主客场连入三球，尤其是客场的梅开二度让拜仁彻底丧失了小组出线的机会。最终米兰轻松杀入第二轮小组赛，而当年已经是连续3年国内双冠王的德甲恶霸则是小组垫底（只积2分），早早回家。当然，因扎吉和拜仁的故事还远未到结束的时候，不过那都是后话了。
第二轮小组赛米兰则是同样的配方。而这一次他们的主要对手则是当时如日中天的皇家马德里，欧冠战绩唯一可以压住米兰的超级豪门。小组赛第一场，米兰就坐镇圣西罗依靠舍普琴科的进球主场告捷，正式宣告自己重回欧洲顶级豪门之列。这也是核弹头自己认可最难忘的进球。之后和上一轮的小组赛剧本相当类似，球队拿下一波四连胜，以小组第一的姿态昂首杀入八强。
四分之一决赛米兰被认为是拿到了公认的好签，然而比赛却是一波三折。已然没落的荷兰巨人阿贾克斯几乎在圣西罗将米兰淘汰出局，但那一年的9爷再次扮演了关键先生。尽管最后绝杀球被算在了托马森的名下，但因扎吉毫无疑问是那场比赛最亮的一颗星。半决赛则是舍普琴科客场打入关键进球，帮助球队淘汰了同城死敌国米。舍普琴科-因扎吉的组合也许是俱乐部主席干涉主教练战术的产物，但那一年的米兰锋线毫无疑问是光芒四射的存在。而且，那个赛季舍普大量的缺阵也催生了4个10号这个米兰津津乐道的超级组合，至今仍被大家反复提及。